该实验室是依托浙江省淡水水产研究所建设的专业性重点实验室，前身为“中国水产科学研究院鱼类健康与免疫学重点开放实验室”、“浙江省鱼类健康与营养重点实验室”，其主要任务是立足长三角地区，紧紧围绕制约淡水渔业发展的重大关键问题，以健康养殖为主线，开展“水产种质资源与选育种、疫病防控与新渔药研制、生态养殖与饲料营养、渔业资源与生态保护、渔业环境与产品安全”等领域的应用基础与共性技术研究。由中科院水生生物研究所桂建芳院士担任学委会主任，中国水产科学研究院刘英杰研究员、中国水产科学研究院淡水渔业研究中心徐跑研究员担任学委会副主任。

2007年8月，农业部农计函〔2007〕323号文件批复浙江省淡水水产研究所承担“浙江湖州罗氏沼虾遗传育种中心”建设项目，中心实验室建于所内新的综合试验大楼内，育种实验基地建于浙江湖州国家级罗氏沼虾良种场（浙江南太湖淡水水产种业有限公司）内。2011年11月，建设项目通过省海洋与渔业局组织的竣工验收。2010年在湖州市长兴县和平镇南棕村又建设“罗氏沼虾遗传育种中心备份保种基地”，2011年10月完成备份保种基地一期建设任务并投入使用。

该实验室是中国水产科学研究院依据《中国水产科学研究院重点实验室管理办法》于2021年重新申报挂牌命名。实验室主要依托浙江省淡水水产研究所，重点围绕罗氏沼虾、大口黑鲈等国内重要养殖鱼虾的主要重大病害，以新产品、新技术研发为主，持续开展新型疫苗研制、绿色渔药创制、检测试剂盒以及绿色生态综合防控技术方面的研究工作。

该实验室是国家“十三五”全国动植物保护能力提升工程建设规划，由国家发改委、农业农村部下达并由浙江省淡水水产研究所承担建设。实验室总建筑面积830平方米，包括22 套水产动物循环养殖系统，4套屏障环境小鼠、大鼠 IVC 实验室和1套普通环境兔实验室。动物房已通过相关资质认证，实验室具备病原学研究、疫病诊断、毒理学研究以及疫苗研发等功能，是国内第一个集循环水养殖、毒理研究、疫病监测、疫苗研发等功能于一体的水生动物疫病专业实验室。

该实验室是在原省重点实验室“浙江省水产医药技术研究重点实验室”的基础上，与依托单位的“鱼类营养与饲料研究室”重新整合，于2008年启动建设。实验室设立了鱼类病害与控制技术、鱼类营养饲料、鱼类疫苗和药物研究及其应用技术等3个学科方向。由中国水产科学研究院珠江水产研究所吴淑勤研究员担任学委会主任，中国水产科学研究院淡水渔业研究中心戈贤平研究员担任学委会副主任。

该实验室于2014年获批成立，旨在围绕支撑我省水产种业做大做强的战略需求，以主导养殖种类选育和用于增殖放流土著特色种类开发为重点，以培育优质高效养殖新品种为目标，以“优质资源挖掘、育种共性技术攻关及多种育种技术集成应用”为主攻方向，通过强化基础设施、多学科交叉融合、“育繁推一体化”协同创新，打造设施设备齐全、育种创新机制灵活、与企业合作紧密的现代化水产育种技术平台，并形成一支以中青年为主体在水产育种领域颇具创新能力的研究团队。由中科院水生生物研究所桂建芳院士担任学委会主任，中国水科院黄海水产研究所孔杰研究员担任学委会副主任。

该监测站于1985年由原浙江省水产局批准建立，是全国渔业环境监测网首批成员。2003年首次取得《资质认定计量认证证书》，2011年获得《食品检验机构资质认定证书》，并具备渔业污染事故调查鉴定资格（乙级）。连续多年承担农业农村部渔业水域常规监测及农业农村部基础性长期性监测，涉及水质环境监测指标、生物环境监测指标、生物残留监测指标共30余项，为历年《中国渔业环境公报》的发布提供了基础数据。

该平台是一个集渔业科技源头创新、成果转化、科技服务和人才培养为一体的科技创新载体，是我省首批启动建设的13个重大科技创新平台之一,下设“淡水渔业、海洋渔业、水产品加工、水生生物与水环境”四个科技创新研发中心、10家紧密合作单位和143家会员单位。平台核心层由浙江省淡水水产研究所、浙江工商大学、浙江省海洋水产养殖研究所、湖州师范学院四个单位组成，浙江省淡水水产研究所为牵头单位。核心层通过分工协作、优势互补，建立并完善高效的渔业科技创新服务体系。

浙江省淡水渔业环境监测站于2014年通过原农业部确认的浙江省无公害水产品认证检测机构名单。承担浙江无公害水产品养殖产地环境认证检测，同时通过计量认证扩项工作，具有无公害产品指标检测能力。检测实验室建筑面积约2000平方米，配备各类检验检测专用仪器设备 89台（套），总价值近2000万元，均按照周期进行检定/校准。

该实验室依托浙江省淡水水产研究所搭建科研平台，旨在探讨和解决渔业发展过程中的环境与水产品质量安全有关技术问题，通过研究、试验、示范和推广相结合的研究方法，使科研成果尽快转化成生产力，更好地为湖州地区及全省淡水鱼类养殖提供技术服务，为浙江省建设共同富裕示范区添砖加瓦。

该实验室依托浙江省淡水水产研究所建立，旨在贯彻落实农业农村部《“十四五”全国渔业发展规划》《浙江省渔业高质量发展“十四五”规划》，是湖州市水产品品质提升与加工技术学科可持续发展的重要保障。实验室主要研究方向为水产品品质提升技术，水产品加工工艺及保鲜技术研究与应用，水产品精深加工及副产物综合利用技术等。未来，实验室将继续开展淡水产品的品质提升与加工方面的研究工作，形成省内领先的淡水加工产品研发基地，引导浙江省乃至全国淡水产品品质提升与加工的发展。